La mission du GSDM relève du rôle d’un institut technique et rentre dans 3 domaines stratégiques :

1. Le développement technique de l’Agro-écologie (ingénierie technique) : il s’agit des missions de capitalisation, de formation, d’appui à la recherche et de labellisation de l’Agro-écologie qui consiste à : (i) assurer la capitalisation et le suivi évaluation de la promotion des techniques agro-écologiques – mises en œuvre par ses membre  et (ii) de promouvoir par l’information écrite et/ou audiovisuelle, la formation et toutes autres actions et manifestations appropriées (colloques, journées d’étude, conférence…), le transfert des connaissances et des résultats afin de mettre à disposition des acteurs de développement 1′ expertise nationale en la matière ;
2. L’appui à l’intégration de l’Agro-écologie aux politiques publiques, aux programmes et projets (ingénierie d’intégration) : il s’agit de mission de plaidoyer pour l’intégration de l’Agro-écologie dans les politiques publiques et dans les projets/programmes ;
3. L’appui à l’intégration et à la prise en compte de l’Agro-écologie dans les réseaux du développement présents dans le milieu rural (ingénierie de développement) : il s’agit de l’intégration de l’Agro-écologie dans les réseaux existants et ceux à venir.